Здравствуйте! Подскажите пожалуйста с чего надо начинать, чтобы составить квартальный отчет в строительной фирме?

Если у Вас УСН или ЕНВД (скорее всего, - УСЕ, - Упрощенная Система Налогообложения) , я бы рекомендовал зарегистрироватьсяв сервисе "Эльба".

Там все довольно доходчиво расписано и организовано.
Плюс, довольно большой функционал предоставляется бесплатно. Да и платная версия стоит 300-400 рублей в месяц. Спокойствие дороже :)

Собрать в кучу все акты выполненных работ, акты КС2, КС3, сметы, материалы использованные, почитать договора - кто поставляет материалы Заказчик или Подрядчик, посмотреть каким образом идет оплата, если есть незавершенка -потребовать все КС2 и КС3 (на упрощенке, если есть незавершенка в течении года этого делать не обязательно, там проще, особенно если 6%).
И вперед - считать сколько заработали, сколько вам заплатили, и сколько вы затратили на материалы.
Списываем на затраты все что можно
Расчитываем НДС если ОСНО
Потом зарплата и взносы на зарплату
Потом ищем прибыль предприятия, если ОСНО или разницу между доходами и расходами, если УСН 15%
Начисляем налог на прибыль, если ОСНО
И все! Все как у всех!

Строительная бухгалтерия отличается от общепромышленной и тем более об бюджетной. Причём весьма сильно.
Возвращайся назад в бюджет пока не напортачил.
От добавленной стоимости 30% это З/П рабочих, остальное "законные" налоги, т. е. 70%.
Руководящий состав полностью без дохода на голимом энтузиазме. Вообщем тебе не справиться.

Это же от системы налогообложения зависит, если УСНО или ЕНВД, и вам нужно в одной программе ВСЮ отчетность делать, вам сюда:

http://эльба-скбконтур. рф

Это федеральная программа для бизнеса на специальных налоговых режимах