Какие налоговые риски возможны, если контрагент выставил счета-фактуры,накладные,но при этом не зарегистрирован в ЕГРЮЛ?

Я не бухгалтер, но раз они молчат, все же скажу.
С точки зрения здравого смысла, никаких рисков быть не должно, т. к. вы при покупке не должны знать зарегистрирован он где-либо или нет. Для того, чтобы спокойно принять на свою организацию товар и оперировать документами, вы должны иметь лишь правильно выписанные накладные и счета-фактуры.
В связи с этим, самое страшное - могут не зачесть вычет по НДС и то маловероятно. И плохо подумать о вас) .
А вообще, зачем переживать если все уже произошло?) )
В конце концов, товар не только оплачен, но и поставлен, документы есть.

если на момент сделки не было юр. лица, сделка признается недействительной. значит, НДС вы взяли к вычету в принципе незаконно. но если не будет проверки ( встречки по НДС) об этом никто не узнает, вам нет смысла сейчас что-то исправлять. найдут- снимут НДС, заплатите и всё. кстати, интересно, на какой р/счет вы оплачивали товар?

Удивительно, но небухгалтер Учкудук наиболее верно описал ситуацию. Вы НЕ ОБЯЗАНЫ проверять контрагента на предмет регистрации, хотя имеете право. Если Вы оплачивали товар по факту поставки (я так понимаю, что оплата была налом, так что должны быть чеки, причем на сумму не более 100 000р.) , то никаких рисков не предвидели и могли спокойно проводить сделку. Опасность возникнет, если налоговая проведет встречную проверку. В принципе, налоговики могут попробовать признать сделку ничтожной (со всеми вытекающими последствиями) , но при наличии правильно оформленных документов очень большой шанс оспорить. Были прецеденты. И на самом деле не пришлось ни НДС возвращать, ни штрафы платить. А налоговая еще и штраф заплатила (не являлись на заседания, были уверены в выигрыше суда) , хоть и небольшой. Не все так страшно.

скорее всего проблемы будут у того, кто эти счета фактуры и накладные вам предоставил. и то не факт, только если хорошо проверят)

Инспекторы ФНС вменяют налогоплательщикам отсутствие должной осмотрительности при осуществлении сделок с контрагентами. Отсутствие регистрации контрагента в ЕГРЮЛ может повлечь отказ в вычете НДС. Федеральная налоговая служба перечислила сведения, которые, по ее мнению, следует запросить у контрагента, чтобы проверить его добросовестность. См. письмо ФНС России от 11.02.10 № 3-7-07/84 :))