вовремя не выставили счет и накладную, товар отгружен, что делать?

Проще сделать по первому варианту ( только потом самому не забыть, почему нарушена нумерация накладных)))) ) К нумерации накладных, а уж тем более счетов, требования не такие жесткие как к счетам -фактурам. А для вас при вашей УСН от доходов вообще можно не переживать по этому поводу, ваш налог будет исчисляться только по поступившим денежным средствам от покупателей.
Сделать накладную с номером, включающим буквы или дроби, менее удобно именно при работе в программе 1С7.7,потому что может нарушиться автоматическое присвоение номеров всем последующим документам, придется сдвигать нумерацию на 1-2 знака влево ( убрать незначащие нули, если есть такая возможность), тогда следующие номера будут присваиваться правильно.

я бы воспользовалась вторым вариантом. если контора ндсная. если нет - то, собственно, пофиг)

Порядок нумерации счетов и накладных не регламентирован.
Может Вы имели ввиду счет-фактуру?

Последняя инструкция по с/ф запрещает выписывать счета-фактуры через дробь, тире и прочие знаки. Поэтому накладную можно через дробь, хотя раз у вас доходы, то лучше текущую нумирацию, а сф вообще не выписывайте, так как вы на усно.

Укрина.
Если в одном месяце, отчётный период которого не закрыт - то поточной датой и накладную, и налоговую к ней. Проверить коды УКТ ЗЕД - если есть - зарегистрировать в ЕДРПН. Если в прошлом месяце и Покупатель хочет накладную и налоговую к ней по факту отгрузки - тогда выписать задним числом и накладную, и налоговую с текущим номером. И конечно же сдать уточняющий расчёт по ПДВ в налоговую. Если были и коды - тогда чтобы не пропал НК - проконсультируйтесь с Покупателем. Возможно в таком случае его устроит поточная выписка документов. Дроби в номерах налоговых накладных использовать можно только филиям.