Мы выставили счет на оплату организации N, а за N его оплатила M (в счет расчетов с N). Кому выставлять сч-ф и накладную

Накладную и фактуру выставляете в данном случае не тому КТО оплатил, а получателю товара (услуг) .
А они меж собой делают акт взаимозачета.
К оплате М прилагает письмо от N с просьбой оплатить по Сч№ и т. д. в счет их междусобойных отношений.
В контрагентах в выписке вы ставите ту фирму ЗА КОТОРУЮ прошла оплата.

1 сч. фактуру и накладную выписываете N.
2. в платежке от М должно быть указано, что это проплата за N
3.ничего вам больше ни N ни М не должны и вы им тоже
4.в выписке сразу проводите как поступление от N

никому. М вам не должна ничего и будет у вас дебиторская задолженность. а N ничего не заплатила. и будет у вас кредиторская задолженность. сначала подпишите доп соглашение 3-х стороннее, что за N оплачивает М. и тогда на фирму М все документі и віписівайте

1 сч. фактуру и накладную выписываете N.
2. в платежке от М должно быть указано, что это проплата за N
3. N должны вам принести соглашение между M и N о взаимозачете между собой, с печатями
4. бухгалтерской справкой закрываете долг N- олатой М
удачи вам

выстави М за услуги которые должны были зделать N.и всё.

Переделать счет для M орг а закрывающии имже (M)