Товар отгружен,а поставщик не хочет выписывать счет-фактуру.

Счет-фактуры поставщик не выдает обычно по двум причинам: 1) Он не платильщик НДС - а значит от этой счет-фактуры и толку-то нет
2) Не произведена оплата за товар (услуги) - многие практикуют. При этом для себя поставщик делает счет-фактуру - иначе получит тумаков
от налоговой, но придерживает второй экземпляр до оплаты.

Если второй вариант рекомендую: сделать самим счет-фактуру с номером как у накладной, подписи как в накладной. В случае встречной проверки
налоговая найдет у поставщика его вариант счет-фактуры (только может не сойтись номер, но это ерунда)

Так, счет-фактура не ВЫПИСАНА или НЕ ПОДПИСАНА? НАКЛАДНАЯ должна быть. ОНА ВАМ ПЕРЕДАНА? ТОВАР ПОЛУЧЕН ВАМИ или в пути? Поставщик ДОЛЖЕН выписать счет-фактуру не позднее 5 дней со дня отгрузки.

Мулька в п. 3 ст. 168 гл. 21 НК.
166-ФЗ от 29.12.2000 в неё было внесено прикольное изменение пунктом 24:
«1) в пункте 3:
слова «налогоплательщик обязан выставить покупателю» заменить словом «выставляются». »
Таким образом, обязанность поставщика, четко прописанная 118-ФЗ от 05.08.2000 исчезла с 01.01.01г. Но и в случае, если бы этот пункт остался в первозданном виде, то санкций за его нарушение нет. По обычаю делового оборота поставщики предъявляют счета-фактуры покупателям, зная, что без них невозможно вычесть НДС. Этой хитростью уже начинают пользоваться некоторые недобросовестные поставщики. Поэтому в договорах нужно четко прописывать, какие документы обязан предъявить поставщик с товаром, и не забывать про санкции за упущенную выгоду.

машуля, а какая мотивация у поставщика? накладная - то есть, договор?

См. договор! Еслион есть - там обязательно должны быть условия поставки и оплаты