Бухгалтер приходовала услуги и делала пометку без НДС, хотя была счет-фактура и все п/п были сделаны с НДС!

ИМХО теперь уже нет смысла переделывать весь год, но вообще, принятие НДС отдельно выгоднее, чем в общей сумме
Т. к для того, чтобы появились расходы вам нужно будет товар продать, и если НДС учитывать в сумме, то придется ждать продажи товара.
Если же вы учитываете НДС отдельно, то он попадает в расходы сразу, при оплате товара поставщику.
В УП это надо отразить.

когда ты платишь контрагенту - если он плательщик НДС - он обязан предъявлять тебе НДС к уплате, и ты обязана в платежке выделять НДС (тут дело не в том, что у тебя УСН, а в том, что он - плательщик НДС), и он обязан давать тебе счет-фактуру.

А вот приходовать ты должна без НДС - у тебя же УСН - ты не плательщик НДСа - ты не можешь входной НДС принимать к вычету - у тебя НДС идет в расходы,

так и должно всё без НДС приходоваться.

Когда делаете платежку - пишите ставку налога, как в счете от Поставщика. Это очень важно, т. к. за неверное указание "с НДС/без НДС" у налоговой могут возникнуть вопросы при проверке банка.
Вы у себя приходуете все Без НДС, только не по счетам-фактурам, а по актам или накладным, т. к. для упрощенки эти документы являются подтверждающими. Счет-фактура - документ для НДС, у вас он просто имеет место быть.

если вы плательщик НДС, то надо переделывать. ведь иначе не закроется 644 счет