Как правильно провести учет в розничном магазине?

У Вас есть три контрольные точки: деньги в кассе, движение товаров и взаиморасчеты с поставщиками. Поэтому и рассматривать надо не по одной формуле, а по трем:
1) Остаток товаров на конец (ОТк) = Остатку товаров на начало (ОТн) + приход товаров (Пт) - выручка (В)
2) Задолженность перед поставщиками на конец (ЗПк) = Задолженность перед поставщиками на начало (ЗПн) + приход товаров (Пт) - оплата (О)
3) Касса на конец (Кк) = Касса на начало (Кн) + выручка (В) - оплата (О)

Ну а теперь в зависимости от того, что Вам легче контролировать поподставляем значения.
Например из 2) выведем, что О = ЗПн+Пт-ЗПк, подставим в 3) и получаем зависимость:

Кк = Кн + В - ЗПн - Пт + ЗПк (т. е. касса в конце дня = кассе на начало дня + выручка - задолженность перед поставщиками на начало дня + задолженность перед поставщиками на конец дня)

Или связь товаров и кассы:
Из 1) выразим: В = ОТн +Пт - ОТк, подставим в 3)
Кк = Кн +ОТн+Пт-ОТк-О (т. е. касса в конце дня = касса в начале дня + остаток товара на начало дня - остаток товара на конец дня + приход товара - оплата поставщикам

либо уменьшайте выручку на эту сумму, как бы меньше ее получили, либо, если от выручки зависит оплата продавцов, то пишите это как расходы, которые уменьшают остаток

Формулу которую указали вы используют только при суммовом учете, такой учет я ни кому не рекомендую так как достоверен на 50%, особенно в продуктовых магазинах. Я рекомендую все таки вести количественно-суммавой учет, но как понимаете это доп. расходы на программы. И какой бы вы не использовали учет, самое главное правильно оформите договор об полной материальной ответственности, коллективный или индивидуальный, зависит от порядка приема-передачи товара. Нужны будут более подробные консультации пишите на электронку или на м-агент.

Имеется Андроид приложение для этого. Удобно. Посетите magazincha.site.uz  Оно там второе. Сделал однажды для друзей.