Как рассчитывать ЕНВД при закрытии розничного магазина?

1) Физический показатель в декларации по ЕНВД (с 2013г) не может быть = нулю! Ст. 356.28 НК РФ - постановка в качестве плательщика ЕНВД с 2013 - дело добровольное, ст. 346.27 НК РФ - ЕНВД=потенциальный доход, п. 2 ст. 346.29 НК РФ - ЕНВД рассчитывается из величины физ. показателя) .
Перевожу на простонародный разговор - если Вы не снялись с учета (как ЕНВДшник) , то и отчитаться должны (с 2013 года) за каждый день пока Вы на снялись с ЕНВД. Нолик можно поставить, НО его будет НУЖНО ДОКАЗАТЬ! Одним из доказательств явл-ся снятие с ЕНВД.
2) ЕНВД (с 2013г) рассчитывается пропорционально дням - п. 10 ст. 346.29. Ну и п. 9 заодно посмотрите.
Рискну посоветовать про физ. показатель сентября - "найти" подтвреждающие док-ты. Или на крайний случай отчитаться по минимому.
И снимитесь скорее с ЕНВД!! ! Вы можете сняться в теч. 5 дней! Если 23092013 подадите заявление, то пишите в нем снятие с 16092013 ( минус 5 дней) . Вот уже за сентябрь только 15 дней отчитаться надо будет (с 1 по 15).
Кстати - снятие с ЕНВД и снятие с ИП это не одно и тоже. ЕНВД (это вид налогообложения) . Если собираетесь сниматься в ИП, всё равно с ЕНВД сегодня снимитесь, т. к. с ИП Вас будут снимать в теч 10 дней, а налоги по ЕНВД в это время будут капать...

В сентябре ставьте 0 так как деятельность не велась. При возникновении вопросов у налоговой подтвердите отсутствие деятельности договором аренды. Если больше не планируете вести деятельность лучше закрывайтесь.