У меня ООО на УСН оплатила наличными поставщику, что делать?

нужен от него договор, акт оказания услуг, и (если он на усн) кассовый чек с приходником, если на енвд - только квитанция к приходнику. можно и товарным. только убедитесь, что он все же на енвд и может не применять ккм.

Основные документы
Товарно-транспортная накладная – главный документ перевозки. Выписывается грузоотправителем. В транспортном разделе указывается маршрут, данные автомашины и водителя. В товарном разделе - перечень, количество, вес и стоимость перевозимого груза, а так же перечень дополнительных документов на груз. ТТН должны быть заверены оригинальными печатями и выписывается в 4 экземплярах (один остается на загрузке у грузоотправителя, второй для грузополучателя, третий для перевозчика, четвертый является основанием для расчета оплаты за перевозку и прилагается транспортной компанией к счету на оплату заказчику) .
Путевой лист. Необходимый документ со стороны перевозчика. Выписывается автопредприятием.
Договор между грузоотправителем (грузополучателем) и перевозчиком (экспедитором) . Или копия договора, заверенная одной из сторон. Договор является основанием для транспортировки груза данным перевозчиком. Может быть заменен Доверенностью на перевозку груза, выписанную на водителя грузоотправителем/грузополучателем, так же с оригинальными печатями.

Дополнительные документы
Товарная накладная прилагается, в случае, если в товарном разделе ТТН не указан полный перечень перевозимого груза
Сертификаты соответствия и качества, паспорта прилагаются в зависимости от характера груза
Счета-фактуры и договор между поставщиком и покупателем груза не являются обязательным документами, но часто даются в дорогу для избежания недоразумений с чересчур бдительными сотрудниками ГИБДД
http://www.alfatrans.ru/pages/doc_perevoz.html