Вы на УСН, выставляете счет

зачтется покупателю.
А контролирует следующим образом: если в отношении покупателя у ФНС возникнут подозрения, что покупатель этот слишком уж часто пририсованный Вами и другими продавцами НДС к зачету выставляет - то проведут встречные проверки - т. е. Вас и других продавцов.
И вот тогда всем всё зачтется еще раз: Вам - за нарушение финансовой дисциплины, Покупателю - штраф до неба, и возможная уголовная ответственность по двум статьям сразу:
198 (199) - за уклонение от уплаты налогов в части непосредственно уклонения.
159 - за мошенничество, в части присвоения НДС, умышленно выставленного к возмещению, и не дай Бог, возмещенного к моменту всего этого геморроя.

Вопрос: Можно ли принять вычет по сумме НДС по счету-фактуре, выставленному организацией, применяющей УСН?

Ответ: По нашему мнению, налогоплательщик может принять к вычету НДС на основании счета-фактуры, выставленного организацией, применяющей УСН, однако следует быть готовым отстаивать свою позицию в суде, так как, по мнению налоговых органов, такая позиция является неправомерной.
Обоснование: Организации, применяющие УСН, в соответствии с п. 2 ст. 346.11 Налогового кодекса РФ не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость.
На основании п. 5 ст. 173 НК РФ организации, применяющие УСН, в случае выставления покупателю счета-фактуры с выделенной суммой НДС обязаны исчислить и уплатить в бюджет соответствующую сумму НДС.
Такие организации не должны выставлять своим покупателям и заказчикам счета-фактуры и выделять в них НДС.
Для осуществления вычета по НДС счет-фактура от поставщика или подрядчика обязателен.
В соответствии с п. 2 ст. 169 НК РФ счета-фактуры, составленные и выставленные с нарушением существующего порядка, не могут являться основанием для принятия сумм налога на добавленную стоимость к вычету.
Пунктом 5 ст. 169 НК РФ предусмотрено, что в счете-фактуре должны быть указаны наименование, адрес и идентификационные номера налогоплательщика налога на добавленную стоимость.
Следовательно, в счете-фактуре продавца, не являющегося налогоплательщиком налога на добавленную стоимость, не могут быть правильно отражены реквизиты, перечисленные в п. 5 ст. 169 НК РФ.
По мнению налоговых и финансовых органов, в случае получения покупателем от продавца, применяющего УСН, счета-фактуры с выделенным НДС покупателю будет отказано в вычете НДС в связи с тем, что организации, применяющие УСН, в соответствии с п. 3 ст. 346.11 НК РФ плательщиками НДС не являются (Письма ФНС России от 06.05.2008 N 03-1-03/1925, Минфина России от 01.04.2008 N 03-07-11/126).
В вопросе получения вычета на основании счета-фактуры с выделенным НДС, выставленного организацией, применяющей УСН, суды встают на сторону налогоплательщиков-покупателей (Определение ВАС РФ от 13.11.2007 N 14628/07, Постановления ФАС Московского округа от 11.03.2009 N КА-А40/1255-09, от 08.04.2008 N КА-А40/2719-08-П) .
По нашему мнению, налогоплательщик может принять к вычету НДС на основании счета-фактуры, выставленного организацией, применяющей УСН, однако следует быть готовым отстаивать свою позицию в суде.

если нарисовали, то надо заплатить, тогда покупатель имеет право на вычет.. .
если спрячете у себя в учёте данную сумму и не заплатите - это нарушение может всплыть только при налоговой проверке вашего покупателя.... например, он подал декларацию НДС с ошибками, или результатом переплаты к везмещению из бюджета, его сразу на камералку, а это значит проверка всех контрагентов по встречке - то есть всё, что написано у покупателя в книге покупок будет проверено в книгах продаж контрагентов... то есть вашу организацию попросят предоставить пояснения, почему вы не показали ндс к уплате, который показал ваш покупатель.... в таких ситуациях надо знать покупателя, и прогнозировать его учёт.... если сумма не большая, можно рискнуть... если большая - то лучше не надо...