Индивидуальный предприниматель работает на УСН (доходы) обязан ли он выставлять счет фактуры покупателю.

ВЫставьте если так уж посят, только НДС не выделяйте! ( а то и вправду платить придется)

Организации и индивидуальные предприниматели, которые применяют специальные налоговые режимы в виде ЕСХН, УСН, ЕНВД или патентную систему налогообложения, не являются плательщиками НДС (п. 3 ст. 346.1, п. п. 2 и 3 ст. 346.11, п. 4 ст. 346.26, п. 11 ст. 346.43 НК РФ) . В свою очередь, составлять счета-фактуры обязаны только плательщики НДС, которые реализуют товары (работы, услуги) на территории РФ (п. 3 ст. 169 НК РФ) .
Таким образом, организации и предприниматели, которые применяют спецрежимы, выставлять счета-фактуры не должны (Письма Минфина России от 22.07.2010 N 03-07-13/1/04, ФНС России от 24.07.2008 N 3-1-11/239, УФНС России по г. Москве от 05.04.2010 N 16-15/035198, Постановление ФАС Поволжского округа от 29.07.2010 N А55-32718/2009).

ИП на УСН не выставляет с-ф, так как не является плательщиком НДС

Счета-фактуры "упрощенцы" выставлять не обязаны, как тут уже сказали. Но в принципе НК РФ это не запрещает.
Есть 2 нюанса:
1. Если выставите сч. -ф. и выделите НДС, в соответствии с п. 5 ст. 173 НК РФ налог Вам придется заплатить в бюджет.
2. Покупатель, которому выставите сч. -ф. , выделенный в нем НДС к вычету без проблем принять все равно не сможет, поскольку Минфин по этому вопросу высказывается однозначно: НДС, указанный в счетах-фактурах, выставленных налогоплательщиком, применяющим УСН, к вычету у покупателя этих услуг не принимается (письма Минфина России от 16.05.2011 N 03-07-11/126, от 29.11.2010 N 03-07-11/456). В судебной практике однозначная тенденция отсутствует по подобным вопросам.
Рекомендую объяснить все это покупателю (особенно второй нюанс).

При применении УСН или ЕНВД счет-фактура не выставляется, так как вы не являетесь его плательщиком, не ведется журнал выданных сч- фактур, книга продаж, где вы должны регистрировать их.