Подскажите, можно ли выставлять счет-фактуру только после оплаты?

НК установлен четкий и обязательный порядок выставления счетов-фактур, менять который нельзя.
Согласно п. 3 ст. 168 Налогового кодекса РФ, счет-фактуру необходимо выставить в течение пяти календарных дней:
-со дня получения предоплаты (полной или частичной) в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг) , передачи имущественных прав;
-со дня отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав) .
Пять дней надлежит отсчитывать с того дня, который следует за днем отгрузки товара (оказания услуг, выполнения работ, передачи имущественных прав) .
А вот обезопасить себя от недобросовестного заказчика позволяет грамотно составленный договор подряда.
Как подрядчику защитить свои интересы с недобросовестными заказчиками?
Читаем:
http://ua-aval.ru/analiticheskie_stati/kak_podrjadchiku_zashhitit_svoi_interesy

Об удержании подрядчиком результата работ по договору строительного подряда Читаем:
http://cesare.su/node/50

Включайте в договора % и штрафы за неоплату вовремя, обязательный пункт когда должна быть произведена полная оплата в днях после подписания КС. У нас такая-же ерунда. Долг 8 миллионов. Где на налоги денег брать?

нельзя, сумма обговарив. зарание и даётся согласие составив договор

в сметах закладывают НДС. На стройках вечное кидалово, берите побольше предоплаты на материалы и др. расходы. Или не выполняйте следуйщий процес строительный пока не выплотят за сделанное

Какая разница, на вас даже наехать могут, вы обязаны СФ выставить после выполнения работ (либо, когда они будут оплачены) . Кстати, договорные условия здесь роли почти не играют, ибо закон есть - ст. 169, 171, 172 НК РФ. В противном случае - налоговой вы понравитесь)))))