что будет ооо если она работает на УСН 6% и выставляет счета с НДС?

Она не имеет права выставлять Вам Счета -фактуры, а Вы не должны их принимать, пусть включает НДС в стоимость товара, так как в зачет НДС Вы не имеете права брать у упрощенцев

что за ерунда, какой НДС при УСН ?

она обязана заплатить этот ндс. если не заплатит - налоговая насчитает и доначислит ей после камеральной, выездной проверки или встречного запроса от контрагентов. буквально вчера из-за этого судебный процесс проиграли.. . так что шутить с фактурами так не советую. если выставила - ОБЯЗАНА оплатить. СФ выставить можно, но НДС в ней выделять не нужно.

Данному ООО необходимо будет сдать декларацию по НДС в налоговый орган за тот период, когда был выставлен счет-фактура и уплатить НДС в бюджет в сроки, установленные законодательством.
Как показывает судебная практика, налоговым законодательством РФ не запрещено организациям, применяющим УСН, выставлять счета-фактуры с выделением НДС только в том случае, если данный НДС вы уплатите в бюджет. Вот и посчитайте, выгодно вам это или нет. Получается, что вы помимо 6% с дохода вы должны заплатить еще 18% НДС. Налоговые вычеты по НДС вы применить не сможете, так как вы на УСН. А если вы выставите счет-фактуру с выделенным НДС и не уплатите НДС в бюджет с данной операции, у вашего контрагента возникнут проблемы в части исключения налоговым органом НДС из состава налоговых вычетов и соответственно доначисления сумм налога, штрафа и пени.

Согласна с Олесей! Если выставили с/ф с НДС, обязаны уплатить НДС, но к зачету входящий НДС учесть не сможете т. к. фирма на УСН-6. Так что вместо одного налога заплатите 2: УСН-6 с доходов, и НДС.