Как снять деньги с расчетного счета ООО (УСН 6%) после уплаты налогов.

по году можно забрать, как учредитель (нераспределенная прибыль) . Если в уставе прописано, что такая процедура проводится раз в пол года, тогда раз в пол года. Пишите Протокол собрания учредителей ("Решение единственного участника Общества") "О выплате прибыли".
А ген. директор вообще-то официально устроен, даже в налоговой числится, как ген. директор. А то, что вы ему зарплату не начисляете, потом еще с ПФР и ФСС заморочки начнутся. В трудовой-то запись есть!
Сам за себя и на себя штраф в размере до 400 000 р. накликаешь!
Только странная формулировка: если операции по счету (кассе) были, значит финансово-хозяйственная деятельность велась. Значит должна быть начислена з/плата.

У меня та же хрень, заключил договор беспроцентного займа от ООО учредителю ООО, как физ. лицу. То есть, сам себе. Вот и сгребаю по чековой. Только больше 600.000 за месяц не рекомендуется - налоговая

никак вы не снимите, только на хоз. нужды фирмы, для личных целей можно только дивиденды начислить, при этом нужно вести полностью бух. учет за предыдущий год и составлять баланс, в котором видна чистая прибыль организации.... в вашем случае у вас не было никакой прибыли.
Поэтому работайте директом и начисляйте себе зар. плату

по поводу займа от фирмы учредителю на заметку: Казалось бы, получать займы очень удобно. Но тут есть одна загвоздка. Если средства будут выданы под нулевой или даже минимальный процент, у учредителя возникнет доход. И с него компания будет обязана удержать НДФЛ. Этот доход называется материальной выгодой, которая есть не что иное, как экономия на процентах. Ведь если бы учредитель получал деньги в банке, ему бы пришлось некоторый процент за это заплатить. А тут, ясное дело, никаких процентов нет.