оплата с НДС по счетам без НДС

ничего уже не сделаете. Сделайте сводную бухгалтерскую справку - о том что по п\п... №№№...от.. -ошибочно указана сумма-НДС. Можно и контрагентам.. написать письма по поводу п\п- что считать оплату по п\п № от... -без НДС. ( и причину укажите-техническая ошибка. ) Справки и письма ( копии) -храните у себя)

Что-то непонятно... .
Если Вы перечисляли п/п с НДС- то какие вааще проблемы?
Если Вам перечисляли п/п с НДС, но Вы НЕ ВЫДАВАЛИ счетов-фактур - то тоже- КАКИЕ ПРОБЛЕМЫ-то?
Поясняю- НДС возмещается на основании счета- фактуры!
На основании счетов- фактур ведется книга покупок и книга продаж.
ФНС смотрит по НДС именно эти доки- п/п - это уже проблемы банка... .
Вот если ВЫ выдали с-фактуру на купленный у вас товар- тогда- ДА! Тогда вы обязаны доначислить и уплатить НДС в бюджет (даже не являясь плательщиком НДС!!!)

а такая же фигня была, честно говоря, просто забила. Выше правильно написали - нет счет-фактуры - нет и НДС

читали судебную практику или просто какие то разъяснения минфина, если ВАМ платят и пишут НДС, то желательно, конечно, это исправить, к сожалению не смогу вспомнить чем грозит.. .
а вот по вашей ситуации - вообще забить можно - это уже головняк контрагентов, не ваш

все правильно вам выше написали.. . п\п и счета не формируют проводки, это если говорить об 1с.. . и как следствие не выделяют НДС, который может увеличивать или уменьшать налог.. . бухгалтера конечно уволили за дело, нужно быть повнимательнее...