при сдельной оплате труда процент зарплаты высчитывается с прибыли без учета ндс или прибыль минус ндс *%

Сдельная система оплаты труда вводится для того, чтобы повысить производительность труда сотрудников. Как правило, ее устанавливают для сотрудников, которые производят какие-либо материальные ценности (например, для рабочих) . При сдельной системе оплаты труда они будут заинтересованы в том, чтобы выпустить как можно больше продукции.
Сдельная система имеет следующие разновидности:
– прямая сдельная;
– сдельно-премиальная;
– сдельно-прогрессивная;
– косвенно-сдельная.
При сдельной системе зарплата зависит от объема выполненной работы. Поэтому, если организация применяет такую систему, ей придется вести учет выработки. Для учета используются такие первичные документы, как наряд на сдельную работу, маршрутный лист, ведомость учета выполненных работ и др. В этих документах отражается количество и качество выполненной работы, расценки за единицу и т. д.
Для некоторых отраслей (видов деятельности) разработаны унифицированные формы документов, позволяющие вести учет выработки для начисления зарплаты:
– на автомобильном транспорте – путевые листы (постановление Госкомстата России от 28 ноября 1997 г. № 78);
– в строительстве – рапорты о работе строительных машин (постановление Госкомстата России от 28 ноября 1997 г. № 78);
– в агропромышленном комплексе – наряд на сдельную работу, путевой лист трактора, расчет начисления оплаты труда работникам животноводства, учетные листы выполненных работ (приказ Минсельхоза России от 16 мая 2003 г. № 750).
Для расчета зарплаты сотруднику, работающему по срочному договору (заключенному на время выполнения определенной работы) , используются акт по форме № Т-73 (утвержден постановлением Госкомстата России от 5 января 2004 г. № 1).
Если для вашего вида деятельности унифицированных форм нет, их нужно разработать самостоятельно. Образцы приложите к приказу об учетной политике. При этом имейте в виду, что в бланках, разработанных организацией, должны быть все обязательные реквизиты первичных документов (п. 2 ст. 9 Закона от 21 ноября 1996 г. № 129-ФЗ) .
При прямой сдельной системе оплаты труда заработную плату рассчитывайте по формуле:
Заработная плата=Сдельная расценка за единицу продукции (вид работы) ×Количество изготовленной продукции (выполненных работ)
Сдельные расценки за единицу продукции (вид работы) устанавливает администрация организации. Расценки нужно указать в локальных документах (Положение об оплате труда, коллективный договор, трудовой договор и т. п.) .
При сдельно-премиальной системе помимо зарплаты сотруднику начисляют премию. Порядок расчета зарплаты в этом случае такой же, как и при прямой сдельной системе. Однако дополнительно к зарплате сотруднику нужно будет начислить премию.
Сдельно-прогрессивная система оплаты труда характеризуется тем, что выработка сверх нормы оплачивается по повышенным расценкам. Поэтому зарплату сотруднику нужно начислять отдельно:
– за продукцию, выпущенную в пределах нормы (по обычным расценкам) ;
– за продукцию, выпущенную сверх нормы (по повышенным расценкам) .
При косвенно-сдельной системе оплаты труда зарплата сотрудника одной категории персонала ставится в зависимость от зарплаты сотрудников другой категории персонала. Косвенно-сдельную систему целесообразно устанавливать в отношении сотрудников обслуживающих и вспомогательных производств (наладчиков, ремонтников и т. п.) . Тогда они будут заинтересованы в большей выработке сотрудников основного производства.

Что прописано в положении об оплате труда им и руководствуйся. Про НДС там точно нет ничего.
Может быть % с чистой прибыли или еще что..

С какой прибыли?
Есть прибыль от продаж, валовая прибыль, прибыль от прочей деятельности, налогооблогаемая прибыль, чистая прибыль.
Может вы имеете в виду выручку от основного вида деятельность, ак вот она учитывается с учетом НДС, а в Отчете о прибылях и убытках, показывается без НДС.
Все прибыли вообще то исчисляются без учета НДС. Посмотрите Отчет о прибылях и убытках или форма № 2.