Разные ставки НДС в счет-фактуре.

Разные ставки и совсем без НДС- Вещи разные. Разные ставки можно указать. Те кто без НДС работает-счета-фактуры не выставляет. Если нет НДС-значит другая система налогообложения.

Да, можно. Бывают и необлагаемые операции по ст. 149 НК и операции, местом реализации которых не признается территория России ст. 148 НК

Нет НДС - это не всегда другая система налгообложения. Есть операции, необлагаемые НДС. например, если купишь программу 1С - там не будет НДС. Я в 2008 году удивился.. . В 2007 году 7.7 купили - НДС был, в 2008 на 8.1 обменяли - НДС нет.. . Я им - какого? А они - НК изменился с 01.01.2008! "продажа программного обеспечения не подлежит НДС. Судя по всему, вы покупаете
компьютерные программы по лицензионным договорам, а продаете по сублицензионным.
А согласно подпункту 26 пункта 2 статьи 149 Налогового кодекса РФ, реализация
исключительных прав на программы для ЭВМ не облагается НДС. При этом не имеет
значения, что ваша фирма не является первичным продавцом программного
обеспечения. Дело в том, что к сублицензионным договорам применяются те же
правила, что и к лицензионным (ст. 1238 ГК РФ) . Отметим, что Минфин России
поддерживает данную позицию в письме от 25.06.2008 № 03-07-07/70." Короче, я думаю, что можно разные ставки НДС и без НДС писать в счете-фактуре, если вы в ней отражаете такие разные операции. У вас 1С есть? Сделайте в ней - она счет-фактуру нарисует как надо.

Можно, есть графа ставка НДС.