Стипендия и НДФЛ

Налоговым агентом, предоставляющим стандартные вычеты, может быть не только работодатель, с которым у налогоплательщика заключен трудовой договор, но и иное физическое или юридическое лицо, которое выплачивает налогоплательщику доход (Письма ФНС России от 25.03.2009 N 3-5-04/302@, от 09.10.2007 N 04-1-02/002656@).

И еще
В Письме ФСС РФ N 02-18/05-3937 <3> указано, что по своей сути стипендия является ежемесячным денежным пособием учащимся и относится к социальным выплатам. Поэтому в соответствии с Перечнем выплат, на которые не начисляются страховые взносы в ФСС РФ <4> на стипендию, выплачиваемую ученику - работнику организации, заключившему ученический договор на переобучение без отрыва от работы, страховые взносы на обязательное социальное страхование от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний не начисляются. На вознаграждения, выплачиваемые по ученическим договорам лицам, ищущим работу, такие страховые взносы начисляются, только если их уплата предусмотрена ученическим договором.
--------------------------------
<3> Письмо ФСС РФ от 11.06.2003 N 02-18/05-3937 "Об ученических договорах".
<4> Утвержден Постановлением Правительства РФ от 07.07.1999 N 765.

Таким образом, получается, что ни ЕСН, ни страховые взносы от несчастных случаев на производстве и профзаболеваний с сумм выплаченных стипендий перечислять в бюджет не надо.
По мнению автора статьи, есть все основания не включать стипендию в совокупный годовой доход физического лица и не уплачивать НДФЛ. Стипендия является разновидностью компенсационной выплаты, связанной с переобучением и повышением квалификации работника, и производится в соответствии с действующим законодательством РФ (ст. 204 ТК РФ) . Поэтому она освобождается от налогообложения в силу п. 3 ст. 217 НК РФ.

Что такое НДФЛ? Налог на Доход Физических Лиц! Вы - физическое лицо, получаете доход, значит обязаны платить НДФЛ, а уж стипендия это или зарплата - не имеет значения.
Касательно вычета! Между вами и предприятием есть договор, который регулирует и регламентирует ваши трудовые, экономические взаимоотношения и т. д. , по закону, согласно Налогового кодекса РФ каждый гражданин, налоговый резидент РФ имеет право на стандартный налоговый вычет - на первого ребенка 400 руб, на второго и последующих не припомню (смотрите НК РФ) . Действия бухгалтера неправомерны!