у нас УСН 6% И ЕНВД У ИП, есть счет работаем с покупателями по б/наличному расчету .Должны мы плати

При Вашей системе налогообложения (УСН - доходы) все суммы, пришедшие на р/с или оприходованные в кассу за отчетный период (за исключением сумм, попадающих под "вмененку") облагаются "упрощенным" налогом по ставке 6%. И налоговой совершенно без разницы, какие документы вы прикладываете к реализации. В данном отчетном периоде у Вас ее (в смысле, реализации) , может не быть вообще - покупатель перечислил аванс. А налог Вы все равно заплатить должны.

ИП на упрощенке запрещено выдавать счет фактуры.
Вы буха найдите для консультации, а то ИФНС нагнет мало не покажется.

Письмо Минфина России от 02.03.2012 г. № 03-11-11/64
Минфин России объяснил, что к розничной торговле в целях применения ЕНВД относится предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами, как за наличный, так и за безналичный расчет по договорам розничной купли-продажи. Это возможно независимо от того, какой категории покупателей (физическим или юридическим лицам) реализуются эти товары.
Определяющим признаком договора розничной купли-продажи в целях применения единого налога на вмененный доход является то, для каких целей налогоплательщик реализует товары организациям и физическим лицам: для личного, семейного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью, или для использования этих товаров в целях ведения предпринимательской деятельности.
Налоговый кодекс не устанавливает для организаций и ИП (продавцов) обязанности осуществления контроля за последующим использованием покупателем приобретаемых товаров, сообщило финансовое ведомство.

Исходя из этого письма налог 6% вы платить не обязаны, платите налог по ЕНВД.

Счет-фактуру вы можете выдавать, только ставить БЕЗ НДС.

Странный вопрос, счет -фактуру можно выписывать и без НДС, при ЕНВД 6% не платите ..,при УСН - платите ...с любого вида дохода на р/с..

запрета как такого нет, просто зачем выдавать? у нас похожая ситуация: некоторые контрагенты просят сч. -ф. и мы выдаем, никакого криминала в этом нет.
Обязательно ведите учет разделительный учет да и все.