Какие документы нужны для принятия НДС в зачет, если мы купили товар за наличный расчет у ООО или ИП?

И сейчас необходимо! Для получения вычета по НДС достаточно счет-фактуры. А для признания расходов по авансовому отчету ( при выдаче наличных денег под отчет) необходим кассовый чек. Вам ОБЯЗАНЫ были его выдать! Возможность не применять ККМ есть только у плательщиков ЕНВД. А при этом спецрежиме нет НДС и, соответственно, счетов-фактур.

а почему у него кассы нет? хотя счет-фактуры в принципе достаточно.

Организации-продавцу следует оформить поступление наличной выручки следующим образом:
–при получении наличной выручки от организаций и предпринимателей нужно пробить кассовый чек и выписать приходный кассовый ордер;
– выручку, поступившую от населения, необходимо оформить одним приходным ордером в конце рабочего дня (смены) .
Применение ККТ при получении от покупателей (заказчиков) наличных авансов за товары (работы, услуги) зависит от того, на каком режиме налогообложения находится организация.
Если организация является плательщиком ЕНВД, то при получении от покупателей (заказчиков) наличных авансов за товары (работы, услуги) она может не применять ККТ. При этом по требованию покупателя вместо кассового чека ему необходимо выдать товарный чек, квитанцию или другой документ, подтверждающий прием наличных денег, который содержит обязательные реквизиты (п. 2.1 ст. 2 Закона от 22 мая 2003 г. № 54-ФЗ) .
В остальных случаях (при применении других режимов налогообложения) организация обязана применять ККТ.

если нет кассового чека значит продавец на ЕНВД, при этой системе НДС он не платит, следовательно вы ничего списать не можете

Если Вы - организация или ИП, купили товар для последующей перепродажи также у организации или ИП, то Вам в обязательном порядке должны были выдать накладную формы торг-12, счет-фактуру, квитанцию к приходному ордеру и товарный чек. Без применения ккм разрешены расчеты с населением в розничной торговле (то есть, когда товар приобретается для себя, а не для перепродажи) , а при расчетах наличными между организациями ккм никто не отменял.

А разве кто на ЕНВД работает с НДС?