как отразить НДС с аванса полученного от покупателя по разным счетам на оплату

я так понимаю, что кредит. задолженность 50т. р. в вашем примере - это свернутое сальдо после двух операций: отгрузки на 150т. р. и полученной оплаты на 200 т. р. ?
Здесь нужно смотреть на суть этих операций. Если оба счета выставлены на один и тот же товар в рамках одного договора, то в большинстве случаев просто закрывают полученный аванс 200 т. р отгрузкой на 150 т. р. и к перечеслению в бюджет получится НДС с оставшегося аванса 50 т. р.
Если же счета были совершенно разные, например счет№1 был выставлен на продажу печенья по одному договору и это печенье было отгружено на 150 т. р. , и параллельно по другому договору был выставлен счет№2 на морковку на 200т. р. , который покупатель и оплатил, то закрывать эту оплату отгрузкой не следует. В таком случае у вас в учете должна сформироваться дебиторская задолженность покупателя за печенье 150 т. р. и кредиторка за морковку 200т. р. В этом случае НДС с аванса нужно будет перечислить в бюджет с 200т. р.

суть смотрите. если по 1 счету идет погашение кредиторки за стулья, то это не аванс. это погашение долга.

Если у вас на дату получения оплаты по счету № 2 (200000) была кредиторская задолженность (50000 - 62.1) и плюс еще была отгрузка (150000 - 62.1), то о каком авансе может идти речь, 200000 - это будет оплата задолженности (62.1).