С 1 июля 2012 года пособия по временной нетрудоспособности и в связи с материнством будут назначаться и выплачиваться фи

http://www.buhgalteria.ru/article/n60406 см. ссылку по Вашему вопросу. С 1 июля 2012 года в Астраханской, Курганской, Новгородской, Новосибирской, Тамбовской областях и Хабаровском крае стартует пилотный проект Фонда социального страхования (ФСС) РФ. Его суть заключается в том, что пособия по временной нетрудоспособности и в связи с материнством будут назначаться и выплачиваться филиалами региональных отделений ФСС. При этом перечисление пособий будет производиться напрямую работающим гражданам на его (их) лицевой счет в банке или почтовым переводом по месту фактического проживания получателя пособия. С июля прошлого года новый порядок действует в Нижегородской области и Карачаево-Черкессии.

С 1 июля 2012 года в Астраханской, Курганской, Новгородской, Новосибирской, Тамбовской областях и Хабаровском крае стартует пилотный проект Фонда социального страхования (ФСС) РФ. Его суть заключается в том, что пособия по временной нетрудоспособности и в связи с материнством будут назначаться и выплачиваться филиалами региональных отделений ФСС. При этом перечисление пособий будет производиться напрямую работающим гражданам на его (их) лицевой счет в банке или почтовым переводом по месту фактического проживания получателя пособия. Напомним, с июля прошлого года новый порядок действует в Нижегородской области и Карачаево-Черкессии.
Если в к этим регионам не относитесь, то по старым правилам. Предприятие начисляет, выплачивает, а ФСС возмещает.

Работодатель с 2011 года будет обязан оплачивать первые три дня временной нетрудоспособности сотрудника за счет собственных средств.

С четвертого дня пособие будет оплачивать ФСС РФ за счет своего бюджета. Соответствующие изменения в пункт 1 части 2 статьи 3 Закона № 255-ФЗ внесены пунктом 2 статьи 1 Федерального закона от 08.12.2010 № 343-ФЗ.

У Вас пилотный проект в регионе.
Документы на пособие всё равно будет готовить работодатель и относить в ФСС. ФСС будет выплачивать сам на карточку работнику. Будет задержка с выплатой недели на 2 по сравнению, если бы платил работодатель всё из своих средств, а потом получал возмещение.