Ребус по УСН 6%

Если ККМ есть, то она должна быть зарегистрирована в налоговой.
Если не зарегистрирована - это не ККМ, и то, что пробито по ней - это не доход.
Оплатите пенсионные взносы за весь год и сдайте нулевую по УСН.

Если вы эту выручку получили наличными без применения кассового аппарата, то ваше ИП существует лишь до первой проверки. Лучше ее не показывать. Более того, за период с момента регистрации до конца 2012 г. вы были обязаны заплатить так называемые фиксированные платежи в ПФР и ФФОМС.

Выход один - ни чего не показывать заплатить взнсы ПФР и ОМС, а с нового 2013 г - начать все сначала и все оформить надлежащим образом.

Уплатить налог за 2 полугодие нужно было до 25 июля, именно с этого момента начинают капать пени. В Пенс нужно было заплатить фиксированный платежи до 31.12.2012 (переносы крайних сроков в связи с выходными сами посмотрите) . Если не заплатили - опять-таки пени капают. Взносы в пенс нужно заплатить за весь период, когда ИП был в таковом статусе, не зависимо от того, пробивалась какая-то выручка или нет. В ФСС платить ничего не нужно, раз наемных работников нет, только на всякий случай уточните у него, не вставал ли он на учет как плательщик добровольных страховых взносов, это редко, но встречается все-таки. Если вставал, то заплатить нужно.
По поводу журнала кассира-операциониста - а он ККМ вообще регистрировал в налоговой? Обычно при регистрации журнал кассира-операциониста просят. Если не регистрировал, то вообще лучше не показывать эти суммы, а если регистрировал, но посеял благополучно, позвоните в налоговою, объясните ситуацию. думаю, что не вы первые, не вы последние, есть отработанная схема действий для такого случая.

Если ИП получил наличные и не пробивал чеки, зачем ему этот доход показывать? Если это безналичные, зачем ему журнал кассира операциониста?
Страховые взносы надо было заплатить до 31.12.12. за себя, если не было наемного персонала:

14 386 руб. 32 коп. - в Пенсионный фонд Российской Федерации
2 821 руб. 93 коп. – в Федеральный фонд обязательного медицинского страхования