выдали зйм сотруднику, материальную выгоду нужно начинать считать с начальной суммы или же с ссумы за минусом погашения?

мат. выгода считается так же как и % с первого дня выдачи займа.

Чтобы рассчитать размер материальной выгоды, вам необходимо знать дату уплаты процентов по займу (пп. 1 п. 2 ст. 212, пп. 3 п. 1 ст. 223 НК РФ) . А по беспроцентным заимствованиям такой даты просто нет. Поэтому облагаемого НДФЛ дохода при получении беспроцентных займов формально не возникает (п. п. 6, 7 ст. 3 НК РФ) .
Однако, по мнению Минфина России, материальная выгода по беспроцентным займам все же может быть определена и потому облагается НДФЛ. Чиновники считают, что в таком случае фактической датой получения материальной выгоды следует считать даты возврата заемных средств (Письма Минфина России от 25.07.2011 N 03-04-05/6-531, от 16.05.2011 N 03-04-05/6-350, от 29.03.2011 N 03-04-06/6-61, от 20.08.2010 N 03-04-06/7-184).
Минфин России разъясняет, что налоговая база при определении материальной выгоды за пользование беспроцентными кредитами (займами) рассчитывается следующим образом (Письмо от 09.08.2010 N 03-04-06/6-173). При первоначальном возврате заемных средств на сумму задолженности нужно начислить проценты, исчисленные исходя из 2/3 ставки рефинансирования Банка России, действующей на дату возврата средств, и количества дней, прошедших с момента предоставления займа. А при каждом следующем погашении проценты начисляются исходя из количества дней, прошедших с момента возврата предыдущей части займа на сумму оставшейся задолженности.

Согласна с Гердой.