Допустим, ИП имеет 3 точки и работает по ЕНВД. Как платится ЕНВД (трижды? ) и как из него вычитаются обяз-ные взносы ПФР?

Декларация по ЕНВД подаётся одна, но в ней будет 3 вторых раэделов, (по каждой точке) а налог общий в разделе 3. ну и вычеты с общего налога, за всех работников но не более 50% от налога.

налог платится за 3 точки, но можно одной платежкой
взносы должны вычитаться пропорционально выручке, но т. к выручку вы не обязаны считать, то можно вычет делить пропорционально тому доходу, который вам вменили

единый налог уменьшается на суммы уплаченных страховых взносов на обязательное пенсионное страхование, взносов по обязательному социальному страхованию от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний и на суммы пособий по временной нетрудоспособности, выплаченных работникам. Но тут есть несколько ограничений:
во-первых, учитываются только суммы страховых взносов в ПФР, ФФОМС и ФСС, уплаченных в налоговом периоде, т. е. в текущем квартале, но не больше суммы начисленных, то есть погашение задолженности по взносам можно учесть только в том квартале, к которому эти взносы относятся, а переплата — не учитывается совсем; во-вторых, конечно же, выплаты по больничным листам надо брать лишь те, что делаются за ваш счет, а не за счет ФСС; в-третьих, в целом налог можно уменьшить не больше чем на 50%. То есть, берем исчисленный налог, вычитаем из него пенсионные взносы и выплаты по больничным и сравниваем то, что осталось, с половиной исходной суммы. Если после уменьшения осталось больше 50% — платим то, что получилось, если меньше — платим половину рассчитанного налога.
Формула расчета ЕНВД за квартал:

(базовая доходность) × (физпоказатель) × К1 × К2 × (3 месяца) × (ставка налога 15%) = ЕНВД за квартал Внимание! С 01 января 2013 года индивидуальные предприниматели не имеющие наемных работников могут уменьшить ЕНВД на сумму страховых взносов, уплаченных за себя без ограничения в 50%!