как правильно сшить счета фактуры за год (очень много листов)??

Сшивать за целый год не нужно, если счетов очень много. Разбейте по томам. Периодичность - в зависимости от общего объема - может быть и месяц - папка, и полмесяца - папка, и квартал, и полугодие. Только помните, что к документам предъявляют требования 250-300 листов в одном сшиве Если больше, не удобно открывать, делать ксерокопии и т. д. ) на не менее 4 отверстия (чтобы проблематично было извлечь документ, в случае злоупотреблений) . А то, как прошивать, можете посмотреть небольшое кино. Там девушка хорошо рассказывает как прошивать любые документы (не только счета-фактуры) :
1) http://www.youtube.com/watch?v=hmJGuauyLpw&feature=c4-overview-vl&list=PLXdVwa8C1AkG1B9OwMRpFFrM6fSrPaok8
2) http://www.youtube.com/watch?v=5si-YoCM9kg&feature=c4-overview-vl&list=PLXdVwa8C1AkG1B9OwMRpFFrM6fSrPaok8

налоговый период по НДС - квартал, так что имеет смысл сшивать покавартально.
Почему за год - непонятно.

А можно помесячно - у нас очень много счетов-фактур

а мне непонятно - зачем счета-фактуры сшивать? в правилах вообще-то указано, что книги продаж и покупок надо сшивать и подписывать, а про счета-фактуры не сказано. разложите их в том порядке, в котором они в книгах идут, чтоб проще искать = и все.

Я то же считаю, что сч/ф сшивать не нужно. Я, если много, то разделяю по кварталам, соответственно книгам продаж и покупок, и собираю их в регистр с металлическими кольцами зажимами. Потом всегда удобно вынуть любую сч/ф при необходимости.

Частями.
Выставленные счета фактуры за 20.01.13 и т. д.

Интервал - как будет удобно.

Я дрелью сверлю пачку, а потом ниткой нейлоновой связываю

Лучше крестиком

дыроколом пробиваете и сшиваете бечёвкой.... верх и низ можно обложки