Взаимозачет с покупки квартиры свыше 1 млн рублей

У вас нет налога к уплате.
13 % заберете с того, что купили и 13 % с того сто продали (с продажи вычет в миллион) .
Следовательно, даже можно возместить. 13 % с миллиона.
Вот тут почитайте, там есть все формы заявлений и ваш случай тоже описан.
http://verni-nalog.ru/

Если я правильно понимаю ситуацию, Ваша мама в этом году продала квартиру, которая принадлежала ей менее 3-х лет, и купила другую. Право собственности на эту другую квартиру, я надеюсь, оформлено.
Правом на получение имущественного вычета на приобретение жилья она никогда не пользовалась.
Так?
Если так, то имеется возможность взаимозачета и дальнейшие разъяснения именно для нее.
Итак:
Так как проданная квартира официально принадлежала Вашей маме на праве собственности менее 3-х лет, у нее появляется обязанность представить декларацию формы 3-НДФЛ по этой сделке. Это обязательно. Непредставление декларации "грозит" штрафом не менее 1000 руб.
Время у нее еще есть - декларацию ей нужно представить до 30 апреля 2014 года.
В декларации ей нужно будет отразить следующее:
- доход от продажи квартиры 2 000 000 руб.
- фиксированный вычет, связанный с продаже недвижимости, - 1 000 000 руб.
- заявить вычет на приобретение квартиры - 2 000 000 руб. Для подтверждения этого вычета обязательно приложить копию свидетельства о праве собственности + расписку об уплате денег.
В этом варианте облагаемый налогом доход не возникает:
2 000 000 - 1 000 000 - 2 000 000 = - 1 000 000 руб. Это меньше нуля, следовательно, облагаемый доход = 0 руб.
Налога, естественно, тоже не возникает: 0 х 13 % = 0 руб.
У Вашей мамы еще остается остаток от вычета на приобретение квартиры 1 млн. руб. То есть, если у нее есть (будут) доходы, облагаемые по ставке 13 % (например, зарплата) , то с этого остатка она еще может вернуть 130 тыс руб.

Конечно я не юрист, но вообще с покупки квартиры государство возвращает купившему 13%,а не наоборот.... я просто вдавался в подробности этой системы, потому что в следующем месяце мы сами покупаем квартиру