Как заполнять книгу доходов и расходов при совмещении ЕНВД и УСН?

В книгу доходов и расходов включаете только те расходы, которые относятся у УСН. Если какие то расходы одновременно относятся к обоим видам деятельности, то поделить в процентном соотношении (например пропорционально выручке) и включать полученную сумму, относящуюся к УСН. Не думаю что у вас так много расходов, относящихся одновременно и к УСН и к ЕНВД, выбрать их можно. Если ведете учет в программе, то она сама включит нужную часть, если предварительно в ней же разделите расходы путем введения процента по ЕНВД и закрытием месяца.

на ЕНВД книгу расходов не ведут, так что смело все пишите в ту книгу которая относится к УСН.

в программе когда вводите первичку по расходам, которые распределяются по видам деятельности, в графе НУ ставите РАСПРЕДЕЛЯЮТСЯ. а потом, в конце месяца (прежде чем закрытие месяца делать) когда будут видны все доходы по всем видам деятельности, вы ставите процент по енвд и произойдет распределение расходов

Проще простого ведите два субсчета 44.1 - ЕНВД, счет 44.2 - УСН. Соответственно Вы будете и остальные начисления вести на соответствующих субсчетах (70. 69). На 44.1 ставите не формировать книгу продаж и доходов, на 44.2 формируете. Расходы по УСН берете с 70.2, 69.2. Сначала Вам может показаться что Вам ничего не понятно, но поверьте, отработав все состыковки, Вы будете в полчаса делать НУ. Да и налоговая, видя раздельный учет будет проверять только тот раздел учета какой пришла проверять и меньше вопросов будет по УСН расходы. а Счет 26 распределяете пропорционально выручке в конце отчетного периода или ежемесячно, это как у вас принято по учетной политике.