Налоговая запросила документы во время квартальной отчетности.

Налоговикам совершенно все равно что у вас квартальная отчетность, ни какими законами это не регулируется. Есть требование, обязаны исполнять, единственное что вы можете это написать письмо в налоговую с просьбой отсрочки исполнения в виду большого объема документов, предварительно советую позвонить исполнителю, координаты которого указаны в требовании и желательно унести самим это письмо, что бы была отметка инспектора на вашем экземпляре.

а вы с инспектором разговаривали? вполне возможно, что достаточно будет реестра документов. и вообще, на основании чего такой запросище?

Такие запросы в НК РФ не предусмотрены.
По камеральной - налоговики не вправе требовать документы (п. 7 ст. 88).
По выездной - сначала решение, затем требование - срок 10 рабочих дней.
По встреченой - вправе только накладные и с/ф в течение 5-ти рабочих дней в отношении контрагента.

Приказ о том что человек занимающийся данным вопросом находится в отпуске, его обязанности ни на кого не возложены. пока чел не выйдет-помочь им никто не может.

Не прибедняйся. что там делать в этой квартальной отчетности. Сейчас за нас все 1С делает.
Или Вы хотите сказать, что численность Вашего предприятия более 100 человек. Обороты свыше 100000000руб. И Вы одна бухгалтер, и делаете все вручную??? ?
Отмазок нет!! ! Несите в налоговую, что просят и точка.