Права ли налоговая?

А как вы теперь в суде докажите что это была не торговая выручка, я думаю что ни как. Так что теперь скорее всего придется заплатить налог как с доходов. Хотя если вы сможете подтвердить источник этих денег, то может быть и суд будет на вашей стороне. Попробуйте сделать как будто ИП по договору займа взял у кого нибудь эти деньги и внес их на расчетник, а еще будет лучше всего если этот человек в качестве свидетеля подтвердит, что деньги передал в том самом банке и видел как ИП внес их на р/счет. Вот всегда говорю своим ИПшкам, что бы были внимательнее, а уж если ошиблись и обнаружили (а чаще я обнаруживаю) , то нужно все исправлять сразу, а не через 2 года.

нет. не может.

налоговая права.. . доказывайте, что это не доход....

налоговая права увы....

Варианты есть. Нужна дополнительная информация:
1. Ваши системы налогообложения.
2. Какая налоговая проверка проводилась.
3. Какие документы представили в налоговую.
4. На каком этапе проверка.
5. Что у Вас дополнительно запросили и что Вы дали.
Если интересно, обращайтесь. Координаты на сайте.

Если есть документ, подтверждающий, что данные средства из других источников доход, тогда есть какая-то вероятность.
Например, справка 2-НДФЛ.
Или договор продажи чего-то.