Права ли налоговая?

Налоговая -права! Так как Вы не отразили у себя Доход ( а именно- свою долю ( 50%) в общей доле имущества! А деньги ( доход -получил только один ИП. а не Вы оба. В Вашей ситуации- перечислять нужно было обеим ИП-равным долями. Или край- чтобы 2 ИП- перечислил Вашу долю Вам! Этого вероятно и не было! Поэтому - доход у него и не уменьшают. ( так как он получил -все 100% ..деньги от аренды. ) А Вам начисляют- как 50% -му собственнику сданного в аренду помещения! По сути- это и есть двойное налогообложение! Так что решайте вопрос налоговой и между собой! Что бы у Вас были 50%-денег от аренды на Вашем счету! Тогда все по налогам будет исчислено верно! И еще помните- что кто получал в аренду- они эти суммы -брали в расход. И подтверждали Документами. И вероятно- Документами о Вашей доли ( 50%)..и доли другого ИП. Проще сказать: -они сделали камеральную проверку! И у них вышло -что по сути один из ИП- скрыл ДОХОД и налоги. Хотя сокрытие налогов и доходов Вам не ставят пока в вину. А только камерально доначислили Доход и налоги ( Вам! )

Однозначно, не права! Пишите жалобу в вышестоящую организацию!

Налог начисляется на фактически полученные доходы, они у вас разве есть?

Недостаточно информации для ответа.
Надо бы ваш договор аренды анализировать в той части, где о расчетах речь идет. Без этого однозначно нельзя сказать.

Как уже сказали выше, объектом налогообложения являются полученные доходы.

Вместе с тем согласно ст. 248 ГК РФ:
"Плоды, продукция и доходы от использования имущества, находящегося в долевой собственности, поступают в состав общего имущества и распределяются между участниками долевой собственности соразмерно их долям, если иное не предусмотрено соглашением между ними. "

Т. е. по умолчанию доходы от сдачи в аренду вашей долевой собственности должны распределяться поровну. Однако никто не мешает вам установить иной порядок распределения доходов, о чем прямо сказано в завершающей части ст. 248 ГК РФ.

Но в любом случае, если именно Вам налог доначислили, то тот ИП, который получил деньги, имеет полное право на соответствующее уменьшение своей налогооблагаемой базы (если, конечно, вы само решение о доначислении налога оспаривать не собираетесь).