Покупатель ошибочно оплатил по одному счету 2 раза, просит вернуть деньги.

А зачем идти в банк-то? Банк ничем не поможет в вопросе уменьшения налогового обязательства. В банк Вы предоставите потом только платежное поручение "на возврат", а первоначально:
1) потребуйте от клиента написать письмо об ошибочной оплате. В нем он должен четко указать причину переплаты, например: "ошибочно дважды оплачен счет № 35 от 21/11/2013", попросить Вас вернуть излишне перечисленную сумму на его расчетный счет. Имейте в виду: именно это письмо и будет главным документом, который подтвердит: полученные Вами деньги не имели отношения к расчетам по договору.
2) отнесите ошибочно полученную сумму на счет 76/субсчет "Расчеты по претензиям".
3) верните чужие деньги на расчетный счет их владельца.
В платежном поручении укажите номер и дату платежного поручения, по которому Вам поступили лишние деньги. Формулировка, указанная в поле "Назначение платежа", может выглядеть так: "Возврат излишне перечисленной суммы по платежному поручению от 21/11/2013 г. № 35, а также письма о возврате излишне перечисленной суммы № 150 от 23/11/2013".
4) во время налоговой проверки покажите инспекторам такие документы: договор; платежное поручение на первую проплату, платежное поручение на вторую (ошибочную) проплату; письмо клиента о возврате ошибочно перечисленной суммы; платежку на возврат денег клиенту. Таким образом, оснований для того, чтобы придраться к Вам, у ИФНС не будет.

добавлю к ответу Сапова-на момент возврата денег-ставите в КДиР сумму возврата в доходы со знаком "минус",согласно НК и все проблемы решены...

Покупатель на имя Вашего директора пишет официальное письмо, Вы перечисляетет ему ден. средства. Поступившие ден. средства ставите НЕ ПРИНИМАЕМЫЕ для НО и письмицо то подкладываете.

А что если это ни по каким документам не проводить,а просто отдать деньги?

директор правильно говорит. Нужно в банк ехать и узнать как насчет возврата денег