какой программой ведения бух учета пользуются компании, при консолидированной отчетности, и какие особенности ведения

Зависит от целей и задач, которые должна решать программа, например есть несколько вариантов программные продуктов на платформе 1С:

1С Бухгалтерия 8 КОРП, которая по сравнению с обычной конфигурацией 1С: Бухгалтерии имеет следующие дополнительные возможности: сквозной учет в разрезе подразделений организации, как выделенных, так и не выделенных на отдельный баланс, раздельная нумерация документов по обособленным подразделениям, отображение реквизитов каждого подразделения в печатных формах документов, расчет долей и распределение налога на прибыль по инспекциям ФНС, реализован специфический бухгалтерский документооборот - используются специальные документы типа "Авизо": Авизо по ОС, Авизо по МПЗ, Авизо по расчетам, Авизо по прочим операциям.
Подробнее тут
online-ufa.ru/ishop/82/1687/

1С Консолидация 8 ПРОФ, которая предназначена для автоматизации планирования деятельности и контроля эффективности компаний, а также подготовки консолидированной отчетности различного назначения. Подходит в случая необходимости консолидации данных по организациям, каждая из которых работает в своей отдельной программе (например, в одной организации используется 1С Бухгалтерия 7.7, на другой 1С: Бухгалтерия 8, на третьей вообще 1С Комплексная или 1С УПП)
Подробнее тут
online-ufa.ru/ishop/82/1851/

1С Управление холдингом 8, которая представляет собой комплексное решение CPM класса (Corporate Performance Management – управление эффективностью холдинга) и предназначен для автоматизации задач учет, планирования и контроля эффективности холдингов. В принципе 1С: Управление холдингом 8 интегрирует в себе функциональные возможности первых двух вариантов (1С Бухгалтерия 8 КОРП + 1С Консолидация 8).
Подробнее тут
online-ufa.ru/ishop/82/1850/

Группа компаний "Онлайн"
Автоматизация предприятий на базе программ 1С с 1995 г.
online-ufa.ru
vk.com/online_ufa