оплата поставщику по кассе

Как меня раздражает подобная "самодеятельность", особенно в конце года...
В подотчет уже бесполезно выдавать, да? Тогда заключить с руководителем договора купли-продажи. То есть выкупите у него те товары, которые он приобрел за свой счет для организации. Этот вариант в налоговом плане абсолютно безрисковый, однако влечет увеличение налоговой нагрузки. Дело в том, что по этому договору организация не сможет принять к вычету НДС, так как продавцом выступает обычное физическое лицо, а оно плательщиком НДС не является. Сами понимаете, что счет-фактура, даже если таковой был выдан в магазине, тут никак не поможет. При этом в адрес работника нужно будет выплатить сумму, включающую в себя НДС, – ведь именно такую сумму сотрудник заплатил в магазине.
Кроме того, нельзя забывать, что выплата по договору купли-продажи образует доход работника. А значит, возникают вопросы, связанные с НДФЛ – сотрудникам придется самостоятельно отчитываться по этой операции в инспекции (пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ).

5% от суммы- объясню

А поставщик выписал материалы. В накладной покупателя кого указал: Вашу фирму или физ. лицо-директора?

Дебилизм. Я думала, что только у нас такое. Оказывается сплошь и рядом. Бухгалтера уже ставят перед фактом. Мой так и говорит, придумай что-нибудь. Для вас, мое мнение, только выкупить у директора, как физ. лица эти материалы. Проконтролируйте в этом случае, чтобы доки от поставщика были оформлены на директора как физ. лица. Типа он для себя их купил. И пусть, гад, заплатит с 3НДФЛ доход. Учить таких надо. И НДС без возмещения тоже пусть платит.