Cитуация: перечисляли ндс, в банке платеж списан, но в налоговую он не поступил. А банк свою деятельность приостановил.

У вас банк платеж принял к исполнению, это значит, что свою обязанность как налогоплательщик вы исполнили. Последствий для вас не должно быть со стороны налогового органа

Запросто! Если большая сумма спорьте, не большая - дешевле заплатить еще раз!

потребуют, а потом после всех проволочек возместят переплаченные ндс

Что значит банк деятельность приостановил? Значит, подождите, когда он возобновит деятельность. Если у банка отозвали лицензию, то у них назначается конкурсный управляющий. Ему можно написать запрос и он ответит, куда были направлены ваши средства, списанные с р/с. Если они были направлены по реквизитам ИФНС, то пусть ищет казначейство. А если они зависли на кор/сч. банка, то я не знаю, что скажет налоговая. Скорее всего, вас заставят еще раз оплатить налог, а разбираться с банком вы будете сами. Вы же можете встать в очередь неудовлетворенных кредиторов и может быть, когда-нибудь вам будет счастье в виде возврата некой суммы.

Если у банка, клиентом которого являлась Ваша организация, случилась подобная ситуация, а вы незадолго до этого заплатили налоги (деньги с вашего счета были списаны, но в бюджет так и не поступили), то поводов для беспокойства у вас нет. Налоговики не должны считать не поступившие в бюджет суммы недоимкой и, соответственно, принимать меры к их взысканию с вас - свои претензии они обязаны предъявить именно банку.
ФНС в своем Письме от 22 мая 2014 г. N СА-4-7/9954 подтвердил эту пизицию:
«...в силу подпункта 1 пункта 3 статьи 45 НК РФ обязанность по уплате налога считается исполненной налогоплательщиком с момента предъявления в банк поручения на перечисление в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства денежных средств со счета налогоплательщика в банке при наличии на нем достаточного денежного остатка на день платежа.
В Определении Конституционного Суда Российской Федерации от 25.07.2011 N 138-О указано на то, что положения указанной нормы права касаются только добросовестных налогоплательщиков, что предполагает обязанность налоговых органов и других органов государства осуществлять контроль за исполнением налоговых обязательств в установленном порядке, проводить проверку добросовестности налогоплательщиков и банков и в случаях выявления их недобросовестности обеспечивать охрану интересов государства, в том числе с использованием механизмов судебной защиты.
Таким образом, положения Налогового кодекса Российской Федерации не связывают факт признания обязанности по уплате налогов и взносов исполненной с фактическим перечислением банком денежных средств в бюджет. В данном случае правовое значение имеет факт добросовестного совершения плательщиком всех предусмотренных законом действий, направленных на исполнение обязанности по уплате налогов и взносов в бюджет.
Вопрос о правомерности действий налоговых органов по взысканию налогов в случаях списания обязательных платежей с расчетного счета налогоплательщика, но незачисления их в бюджетную систему Российской Федерации, а также действия по отказу в признании обязанности по уплате налога исполненной неоднократно был предметом исследования в судах. Арбитражные суды признают обязанность налогоплательщика по уплате налога неисполненной только при наличии доказательств недобросовестности налогоплательщика и плательщика взносов при направлении платежных поручений в банк».
В Письме говорится про отзыв лицензии, но и приостановление деятельности банка также не влечет обязанность налогоплательщика заново оплачивать налоги.
Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете обратиться в нашу компанию за консультацией: Объединенная Консалтинговая Группа. Телефон: +7 (812) 325-48-60. Руководитель Отдела Права – Шеметович Сергей.