Если ИП на УСН6% не платил авансовые платежи, но предъявляет вычет на взносы в ПФ, пени? Подробнее вопрос внутри.

Забавно, а ИП, не уплачивая законно установленные взносы, в течение года не пользовался "деньгами государства", не?
Итак, как будут развиваться события.
Предоставленная ИП декларация автоматически начинает камеральную проверку. Проверка включает в себя и правильность применения вычетов в виде уплаченных страховых взносов. Причем, основываясь на практике, именно этот вопрос изучается пристальнее всего - вплоть до запроса в ПФ с предоставлением расшифровки по ИП: в каких суммах и когда взносы заплачены по факту.
Если взносы уплачивались поквартально и при расчете авансовых платежей учитывались правильно, то инспектор такой расчет примет и признает законным.
Если взносы фактически уплачены только по году, а по отчетным периодам не платились, то уменьшать авансовые платежи на них ИП не имел права. По порядку проведения проверки инспектор для начала просто укажет на этот факт и потребует откорретировать декларацию, т. е. авансы на уменьшать, а вычет применить к полному расчету за год. Если ИП этого не сделает, инспектор составит акт и произведет пересчет сам.

В любом случае пени будут.
Они начисляются по факту наличия просрочки в уплате налога (и авансы при этом приравниваются к налогу - смотрим статью 58 Налогового кодекса). То, что по итогам года, скажем, сумма получилась меньше, чем авансовые платежи за год (т. е. государство должно было бы эту переплату по авансам вернуть), на расчет пени не влияет. Никак. Потому что самого факта неуплаты законно установленных авансовых платежей не отменяет.
Бывает, что получение убытков по итогам года в целом или то, что по году в целом сумма к уплате в бюджет вышла меньше авансовых платежей, ведет к пересчету пени за неуплату авансов. Но такое бывает в том случае, если размер авансов определяется расчетным путем, "на коленке" (как например в налоге на прибыль - авансы за следующий квартал определяются по итогам предыдущего квартала). В УСН это не так: авансы в этом налоге - вполне реальные суммы, которые рассчитываются на основе вполне фактических доходов за квартал. Так что в УСН пени на авансовые платежи не пересчитываются, не складываются, не пересматриваются: не платил авансы - пеня есть.

В реале ИП должен был платить авансы. Точка.
Он имел право уменьшать размер авансового платежа на сумму уплаченного в том же периоде страхового взноса, т. е. имел возможность поделить страховые взносы, платить их поквартально (а не по году) и на этом основании законно уменьшать аванс.
Не платить авансы он мог в том случае, если его размер получился бы нулем. Если выходил хотя бы рубль - должен был этот рубль в бюджет внести.

На какую сумму авансов - уменьшенную или нет - будут считаться пени, зависит от того, как Вы платили страховые взносы - поквартально или нет.

Нет. Это не вычет. ИП уменьшает налог на страховые взносы. Также в декларации не пишутся пени. Их вам могут насчитать, если налоговый инспектор заметит.
В декларации пишите свой доход по кварталам и социальные взносы по кварталам. А потом рассчитываете налог