Ситуация: ИП на УСН 6% принимает от физлиц товары по договору комиссии (комиссия - фиксированная сумма).

Вопрос о противоречии.
Согласно п. 1 ст. 346.15 НК при определении объекта налогообложения учитываются доходы от реализации товаров (работ, услуг), имущества и имущественных прав, определяемые в соответствии со ст. 249... При этом доходы, перечисленные в статье 251 НК, при УСН не учитываются.
Ст. 251 НК содержит норму, напрямую касающуюся участников посреднических договоров. Подпунктом 9 пункта 1 этой же статьи предусмотрено, что при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, поступившего комиссионеру в связи с исполнением договора комиссии.
То есть имущество (в том числе деньги), полученное от комитента или покупателя (продавца) для комитента, у комиссионера-«упрощенца» доходом не является и единым налогом не облагается. Доходом комиссионера является только комиссионное вознаграждение. Денежные средства, полученные от комитента в счет возмещения расходов комиссионера, также не являются доходами.
Таким образом, пробивая сумму по ККМ, вы называете её торговой выручкой и отражаете в журнале кассира, так как это выручка от продажи, но вы не путайте доход с налогооблагаемой базой. При получении оплаты вы используете счет 90 или 91 (точно не могу подсказать, не помню), но часть суммы не включается в налогооблагаемую базу, а другая часть (комиссия) включается. При проверке налоговиками записей в журнале кассира они проверят, скольку вы получили и проверят, сколько вы передали комитенту, а из остатка высчитают налог, и тут вам уже не стоит ошибиться. Если же комитент отдельно перечисляет вам комиссию, то вся торговая выручка оформляется в проводке как не включенная в налогооблагаемый доход

6% берётся с выручки

Я бы не стала так делать, чтобы было спокойнее, применяла бы УСН 15 %!