Какая разница между "Уплата госпошлины" и "Уплата госпошлины (при обращении через многофункциональные центры)"?

Различия есть по кодам КБК и распределению между муниципальными и федеральным бюджетом.
21 июля 2014 года принят Федеральный закон № 249-ФЗ «О внесении изменений в статьи 50 и 56 Бюджетного кодекса Российской Федерации», который вступил в действие с 1 января 2015 года.
Теперь при получении заявителем государственных услуг через МФЦ предусматривается распределение доходов от уплаты госпошлины в федеральный бюджет и бюджет субъекта РФ в соотношении 50 на 50 процентов.
Обращаем внимание граждан на то, что изменился порядок уплаты госпошлины при получении услуг через МФЦ, в частности, изменились коды бюджетной классификации (КБК) доходов бюджета, в связи, с чем необходимо уточнять реквизиты в платежных документах с целью предотвращения спорных ситуаций, например, при оплате заявителем госпошлины в соответствии с квитанциями, полученными вне МФЦ (по старым КБК).
Администрирование доходов от уплаты государственной пошлины за совершение федеральными органами исполнительной власти юридически значимых действий в случае подачи заявления и (или) документов, необходимых для их совершения, в многофункциональные центры осуществляется по соответствующим кодам бюджетной классификации с применением разных кодов подвида доходов бюджетов.

Реквизиты какие-то отличаются. Если оформляешь напрямую, выбирай первое. Если через МФЦ, второе.

"шараги которые платно собирают пакет документов" вовсе не при чем. они возьмут деньги с вас только за свои услуги.
а госпошлина - это госпошлина . все идет в бюджет. только как выше написали КБК разный.