Имеет ли место конфликт интересов, если да, то как его преодолеть?

Нет, не имеет место быть никаких конфликтов, аудит расчетов с бюджетом вполне укладывается в рамки любой аудиторской проверки, более того, этот пункт обязателен в программе аудита.
Если же пожелания клиента простираются далее, например он хочет детальную проверку с последующим получением отчета конкретно по этому пункту, то следуют заключить дополнительный договор на сопутствующие услуги.
6.1. Сопутствующие аудиту услуги действия, оказание которых экономический субъект возлагает на аудиторскую организацию, оформляются договором. К договору может прилагаться задание на выполнение работ и оказание услуг (приложение 2).
Задание должно содержать:
а) перечень вопросов, ответы на которые экономический субъект желает получить от аудиторской организации;
б) перечень источников данных (первичных документов), представляемых аудиторской организации для обработки;
в) перечень документов, которые должны быть созданы аудиторской организацией в результате обработки источников данных с указанием носителя данных (например, бумажный, машинный).
6.2. Результатом оказания сопутствующих аудиту услуг являются документально оформленные результаты (например, расчеты, консультации) и документы (первичные документы, регистры учета, отчетность, справки).
6.3. Аудиторская организация может оформить дополнительно письменную информацию руководству и (или) собственнику экономического субъекта по результатам оказания сопутствующих аудиту услуг. При этом следует действовать в соответствии с правилом (стандартом) "Письменная информация аудитора руководству экономического субъекта по результатам проведения аудита".

А какой экономический субъект? В отношении себя или кого то проверка? Яснее вопрос излагать нужно.. Субъекты разные - и полномочия тоже