Можно ли зачесть переплату по транспортному налогу в счет уплаты НДФЛ?

В письме от 30.08.2016 № 03-07-11/50432 Минфин России ответил на вопрос, можно ли зачесть переплату по НДС в счет задолженности по НДФЛ.
Финансовое ведомство напомнило, что зачет налогов регулируется статьей 78 НК РФ, которая применяется и к налогоплательщикам, и к налоговым агентам. Она допускает зачет сумм переплаты между налогами только одного уровня – федеральными, региональными или местными (абз. 2 п. 1, п. 14 ст. 78 НК РФ). Таким образом, статья 78 НК РФ не ограничивает проведение зачета излишне уплаченного федерального налога (НДС) в счет недоимки по другим федеральным налогам (в т. ч. НДФЛ).
Однако НДФЛ – налог, который удерживается у физического лица налоговым агентом и перечисляется в бюджет. Уплата НДФЛ за счет средств организации прямо запрещена пунктом 9 статьи 226 НК РФ. Из этого Минфин России делает вывод, что нельзя зачесть переплату по любому федеральному налогу (в частности, НДС) в счет недоимки по НДФЛ. Заметим, что ранее финансовое ведомство неоднократно высказывало аналогичную позицию (см. письма от 19.02.2010 № 03-02-07/1-69, от 20.11.2009 № 03-02-07/1-515).
Однако не так давно сам Минфин России высказывал противоположное мнение по данному вопросу. В письме от 25.03.2016 № 03-02-07/1/19163 он пришел к выводу, что в счет недоимки по НДФЛ можно зачесть переплату по любому федеральному налогу, ведь ст. 78 НК РФ не ограничивает это право. Сам зачет может производиться налоговым органом самостоятельно или на основании заявления от налогоплательщика (п. 5 ст. 78 НК РФ). Эту позицию разделяют и некоторые суды (см. постановление ФАС Московского округа от 19.08.2010 № КА-А41/9104-10).
Рекомендации

Поскольку мнение Минфина России по вопросам зачета переплаты в счет недоимки по НДФЛ постоянно меняется, налоговые органы вряд ли будут производить такой зачет.
Поэтому если у налогоплательщика есть переплата по НДС или налогу на прибыль, целесообразнее для него подать заявление о возврате, а не о зачете.

транспортный - региональный налог, НДФЛ - федеральный. Так что нельзя

Вроде как да, но интересуйтесь законами

Да их не поймешь. Одни говорят так, а другие по другому трактуют. У нас была переплата по земельному налогу. Просили закрыть недоимку по НДС. Сказали нельзя; разные налоги. Тогда написали, чтоб вернули нам на р/счет. В конечном итоге одну часть денег перекинули на НДС, а вторую часть - вернули. И начали считать пенюшки по земле. Короче, полный бардак