Можно ли нумеровать счета ИП не по порядку?

Да, счета и накладные можно нумеровать, как хотите. Только не должно быть совпадающих номеров.
А вот счет-фактуры нужно нумеровать строго по порядку без единого пропуска, так как это прописано в инструкции МинФина или Налоговой (точно сейчас не помню)..

Можно, кто вам это может запретить!

Это по меньшей мере странно

И какие же у тебя счета-фактуры на УСН, расскажи пожалуйста?
У ИП бухгалтерия вообще условная, нумеровать можешь так, как правая пятка левой ноги захочет.
Для удобства нумерацию можешь совмещать - накладная/упд/акт - счет одним и тем же номером. Это удобно.

Нумерация разных видов документов никак не взаимосвязана с номерами других видов документов.
Никакого особого требования о сквозной нумерации нет. Но пропуски в номерах теоретически могут вызвать подозрения проверяющих. На практике я такого требования никогда не встречал за более, чем 20-ти летнюю практику.

Счет не является бухгалтерским документом. Нумеруйте как хотите. А вот накладные и счета-фактур желательно нумеровать поочередно.

Должна быть порядковая нумерация

в произвольном порядке можно, но лучше все же придерживаться схемы "за n следует n+1" - самой же легче.

любая нумерация

Формально ни Налоговым кодексом РФ, ни Правилами не установлено требования о "сквозной нумерации" счетов-фактур. несоблюдение порядка нумерации счетов-фактур формально может быть расценено налоговым органом как нарушение правил оформления счетов-фактур. В этой связи во избежание споров с налоговыми органами целесообразно обеспечить порядковую нумерацию счетов-фактур.

Порядковая