Какую систему налогообложения лучше выбрать

доходы минус расходы

Разумеется доходы минус расходы. Хотя для маленького магазинчика возможно выгоднее патент.

Если средняя наценка не более 30 %, то выгоднее УСН 15 % доход-расход, а если наценка более 30 %, то при небольших других затратах становится выгоднее УСН с дохода 6 %. Если продуктовый магазин на все группы товаров, то УСН доход-расход.
Но ты наверно вообще не в курсе, что товар бывает маркированный и не маркированный. И если товар не маркированный, то можно применять ПСН, а это намного выгоднее и проще чем УСН, и тем более проще чем УСН доход-расход, и притом маркированного товара.
Из продуктов питания в ближайшее время обязательной маркировке будут подлежать все группы молочной продукции. Поэтому если ее включите в продажу то ПСН не имеете право применять.
Сроки маркировки молочной продукции:
https://getmark.ru/blog/o-markirovke/markirovka-moloka-sroki-molochnoj-produkcii-chestnyj-znak/
А если молочку выкинешь, то можешь работать на ПСН. И это намного проще. Хоть какую-то овощную лавку открой, или кондитерку, хлебо-булочные изделия, хоть лепешки из тандыра. У вас что на молочке, основная реализация в плане или так до кучи ?
Также пойми, если УСН доход-расход, то придется все товары сначала оприходывать в программе типа 1С розница, а потом только продавать. Чтоб они на остатке были и чтоб правильно по ним кассовый чек сформировать.
А если у вас ПСН, то в принципе, если только сами торгуете, без продавцов, то учет остатков не обязательно вести -а только для себя, и тогда в программу можно только
номенклатура заколотить, чтоб только кассовые чеки с номенклатурой формировать, а приход вообще не вводить. Потому как это для расчета ПСН не нужно, а только для себя, не более.
Ну а если УСН доход-расход, то кто и когда этот приход будет вводить? Кто маркированный товар будет учитывать? Оно тебе надо в маленькой розничной точке? Также по патенту учти, что оплату по нему можно уменьшить на сумму уплаченных страховых взносов.
Поэтому, ели ИП только собрались открывать, то сразу при открытии пиши заявление о переходе на УСН доход-расход. А далее, после регистрации ИП пиши заявление о переходе розничной точки на ПСН, и тогда через ПСН можете торговать не маркированными продуктами. Патент можно хоть на квартал или месяц взять, а не понравится патент закончится и тогда на УСН доход-расход будете работать, ну или дальше новый патент на розницу купите, хоть до конца года. Будет время поэкспериментировать на ПСН и на УСН с доход-расход.
Ну а если выберете УСН с дохода, то на продуктах питания такое возможно, если у тебя приход какой-то левый -неучтенка, под который документов на расходы по УСН нет, например на овощи от частников -картошку какую-то. Но а если и документы на приход нормальные то при наценке -20-30 %, отдавать 6 % с дохода в налогов -на любителя. При не большой реализации в год, до 600 тыс. около -этим можно за счет фиксированных страховых УСН оплату уменьшить, а если реализации несколько млн. и выше, то УСН с дохода при такой наценке не выгодна.

Вовсе не разумеется что доходы минус расходы выгоднее. При доходе в 681 тыс. руб. в год выгоднее будет применить УСН с объектом налогообложения "доход", т. к. налог при своевременной уплате страховых взносов будет равен 0. А при "доход минус расходы" как минимум налог составит 1% от доходов. Но все это при условии, что у ИП не будет наемных работников. С наемными работниками расклад чуть другой. А так советую рассмотреть ещё патент. На сервисе налоговой можете рассчитать сумму патента https://patent.nalog.ru/info/