Как быть со сданным балансом если теперь мы хотим сдать уточнёнки.

Единственная контора, которая следит за отчетностью - это статистика. На практике: приносишь очередной годовой баланс с писулькой: "В связи с восстановлением учета изменены строки.. . по состоянию на ..." и все.

по бухгалтерским отчетам уточненки не сдаются

При УСН ф1 и ф2 не сдается вроде бы!!! !
Понятия Уточненный Баланс нет - это статистическая форма отчетности, которая не уточняется!! !
А форма 2 - пожалуйста, уточняйте!!! !
Если сдали баланс за год 2008 нормально, то не переживайте.. . корректируйте ф2, а баланс откорректируется следующим кварталом правильными цифрами.. . тем самым баланс за 1 квартал откорректируется!!! !
А в программу вводите Ваши корректировки последним днем отчетного месяца (т. е. 31 марта)!!! !

1 и 2 формы уточненки не сдаются

Пусть плывет баланс, уточнения по балансу не сдаете, по остальным налогам все изменения вносите 31 марта.

если вопрос в том, какой датой нести уточненные операции, то в текущем периоде. Я вношу всегда датой сдачи отчетности. Но нужно оформить бухгалтерскую справку и когда будете делать декларации за текущей период, не забудьте эти операции вычесть. лучше в расчетах, которые прикладываете к декларациям все подробно расписать (что вычитаете, что прибавляете) , а баланс сдаете с учетом этих измненений (ничего не вычитая и не прибавляя) . А если вопрос в том, нужно ли сдавать уточненки по балансу и форме 2, то нет не нужно