Можно ли лишить права заниматься предпринимательской деятельностью?

Блин, бред какой-то! Ну как вы себе представляете запрет осуществлять предпринимательскую деятельность? Начнем с того, что право на труд гарантировано Конституцией РФ! В некоторых местностях вообще нет никакой работы - и как тогда люди будут работать? В смысле где, если человеку еще и в судебном порядке запретят заниматься предпринимательской деятельностью?
Предпринимательская деятельность - очень широкое понятие, а законом может быть запрещен (в случае серьезных нарушений, как правило преступлений) только какой-то вид деятельности где и были совершены правонарушения, но уж никак не запрет вообще работать!
То что ИП нарушает какие-либо требования НК или бухучета - еще не основания на запрет, за эти правонарушения есть определенные санкции - штрафы. Если ИП их оплачивает - какие к нему могут быть претензии? Даже если он их не оплачивает - существует процедура банкротства, но не запрет на осуществление предпринимательской деятельности!

Это не в административном а в гражданском. Через суд можно конечно же!

В рамках адм. производства такой санкции нет. Тем более, если Вы штрафы уплачиваете.

Лучше не нарушайте, тогда и штрафов не будет.

после штрафов следует приостановка деятельности сроком ?( точно не помню) .за тем через суд лишают права.

Нет. Конечно нет.
Третьи лица не могу лишать гражданских прав гражданина РФ по своему усмотрению.