На большом холме, омываемом речкой Кончурой, поставили братья "церковь малу" да келью. Не выдержав тягот отшельнической жизни, Стефан ушел в Московский Богоявленский монастырь, оставив брата, теперь уже монаха Сергия, в одиночестве. Однако уже через год сюда начинают стекаться монахи, ищущие уединения. Автор Жития Сергия, помимо тягот и лишений, которые терпели обитатели монастыря, описывает многие чудеса и предсказания, предвещавшие превращение скромной обители, где "блаженная скудность бьыа источником сокровищ", в самую богатую и знаменитую в России Троице-Сергиеву лавру. Многие живописные и резные иконы воспроизводят описанное в Житии явление Богоматери преподобному Сергию Радонежскому, когда она обещала свое вечное покровительство основанной им обители в художественных произведениях более позднего времени получил отражение сюжет "Видение птиц преподобному Сергию" дабы рассеять сомнения стремившегося к отшельничеству преподобного Сергия, которого огорчало увеличение численности братии, Богоматерь послала ему видение множества птиц как символ множества его учеников и последователей.
Как выглядел Троицкий монастырь в XV-XVI вв. можно только предполагать. Время и пожары лишили нас возможности видеть его древние деревянные сооружения. В 1408 г. монастырь был дотла сожжен во время набега хана Едигея. Обитатели его во главе с учеником и преемником преподобного Сергия игуменом Никоном успели уйти в леса, и уже через несколько лет по их возвращении монастырь был восстановлен. Игумен Никон, пользуясь покровительством великих московских князей, вел активную хозяйственную деятельность, закладывая основу экономического и политического могущества Троице-Сергиева монастыря.

Троицкий женский монастырь основан в 1643 г. богатым муромским купцом Тарасием Борисовым, по прозвищу Богдан Цветной на месте деревянной церкви. По преданию, где-то здесь, на "Старом Вышнем городище", кн. Константином, крестившим Муромскую землю, был поставлен первоначальный деревянный храм во имя страстотерпцев Бориса и Глеба. В последствии на этом месте соорудили деревянную Троицкую церковь. В 1642 году на месте обветшалой деревянной Троицкой церкви закладывается каменная.