Это один из древнейших монастырей среднего Поднестровья.
Бакота, что в переводе с древнерусского означает желанное, чудесное место, является одним из древнейших населенных пунктов подольского края. Здесь на высокой белой горе уже в ХІ столетии возник мужской монастырь. Такие духовные острова всегда были духовной опорой православного люда, рассадником благочестия, местом, куда тягулись все желающие жить по Божьим законам.
Первые письменные свидетельства о Бакотском монастыре появились в "летописи великих князей Литовских" в ХІV столетии. Летопись рассказывает о захвате Подолья Литовскими православными князьями Кориатовичами около 1362 года, и о возобновлении и основании Подольских городов после нашествия татар. В ней говорится: " и на первое Кориатовичи нашли себе твержу на реке Смотричи, тут пак нарядили Смотрич, и у другом месте были чернцы у горе и в том месте нарядили (тоесть, вероятно, обновили, укрепили) город Бакоту. " Из летописного текста следует, что монастырь существовал задолго до прихода Кориатовичей.
Историки считают, что монастырь возник тогда, когда Бакота была административным центром Подолья (Понизья, которым управляли Галицкие князья) , то есть в ХІІ-ХІІІ в.
В те дни Бакота имела мощный замок-крепость, сдерживавшую продвижение татарских орд вдоль берега Днестра. В период активизации татарских нападений кроме замков-крепостей население использовало для защиты и природные пещеры. До наших дней дошли рассказы о трагических событиях, связанных с историей Бакотского монастыря где-то в середине ХІІІ-го в. Согласно молве, в скальном монастыре спрятались от татаро-монголов местные жители вместе с монахами. Ордынцы предлагали им отречься от своего Бога в обмен на жизнь. Но никто не вышел из пещер скального монастыря. Тогда баскаки замуровали вход в монастырь, из которого еще долго было слышно молитвенные пения.
Существуют рассказы и о большой библиотеке и драгоценностях, которые якобы хранились на территории монастыря.
Начиная с ХV-го в. в летописях и картах исчезает упоминание о Бакоте, она навсегда утрачивает свое значение как административный, культурный и духовный центр и становится рядовым сельским поселением.
Интерес к Бакотскому скальному монастырю возродился, когда в 1891-1892 годах по поручению Российской Императорской Археологической комиссии профессор В. Б Антонович провел раскопки и нашел остатки пещерных келий и монастырской церкви. Были открыты три пещеры: Первая длиной 8,5 м, при ширине 1,6 м и высоте 2,13 м. На расстоянии 6,2 м от первой другая пещера длиной 6 м, шириной 1,5 м и высотой 2,1 м. Третья пещера обнаружена еще на 8 м южнее первых. Ее длина 10 м, ширина 1,6 м, высота 1,7 м. В стенах пещерных коридоров выбиты продолговатые ниши в рост человека. На скальном полу коридоров - ниши-гробницы. В некоторых из них были обнаружены человеческие кости, анатомический порядок которых был нарушен. Всего было открыто 17 ниш в стенах пещер и 19 гробниц в скальном полу.
В 1893 году на месте древнерусской церкви была сооружена новая деревянная церковь, освященная епископом Подольским и Брацлавским Димитрием (1890-1895). Церковь была отстроена на пожертвования, собранные священником Е. Праницким. Освящена церковь во имя Спаса Всемилостивейшего.
