На каких станциях поезда останавливаются с большой остановкой по времени(Кроме конечных)

Для смены локомотива (минимум 25 минут по норме) . Это не только при смене направления, но и например, смена тепловоза на электровоз или электровоза постоянного тока на электровоз переменного тока - на ж-д бывают разные типы электрификации и просто неэлектрифицированные участки.
Ещё бывает, что часть вагонов поезда идёт по другому маршруту - на узловой станции их отцепляют и прицепляют к другому поезду, тут стоянка этих вагонов может до нескольких часов доходить.

На пограничных станциях. Если в Европу поезд на границе стоит минут 40, то в Средней Азии и 2-3 часа нормально, менталитет у них такой.. .
Это для проверки документов, а например в Бресте ещё и вагонные тележки меняют, в зарубежной Европе колея более узкая.. .

Бывают длительные стоянки для входа поезда в плотный магистральный график. Но такие стоянки - по полчаса и больше - могут быть "техническими", то есть билеты до этой станции не продают и из вагона не выпускают.

На узловых для замены локомотива.

На узловых и на тех, где требуется перегнать локомотив на противопололжную сторону состава. Сама почти каждое лето ездила через Калязин (в Тверской области) . Там именно такой вариант: поезд заезжает на отдельную от основной магистрали ветку и без перегона локомотива не обойтись, чтобы продолжить движение....

Где меняется локомотив или локомотивная бригада. В первом случае стоянка продолжительнее.