ваз2109 после дождя в салоне огромные лужи...

Ну что касается герметичности кузова автомобиля:
Собрались как-то представители автокорпораций и завели разговор о герметичности кузовов своих авто.
Японец
- Мы в машину, после полной сборки, сажаем кошку. Если к утру она сдохла значит машина - герметична.
Француз:
- А у нас, если кошка не сдохла - значит где-то герметичность нарушена. .
Русский:
Мы тоже кошку в салон забрасываем. Если через неделю кошка не сбежала - значит двери закрылись плотно...

Через стекло скорее всего протекает-заднее или переднее.

Кузову кирдык. А точней ниша воздухозаборника сгнила.

Под капотом есть блок предохранителей, если забиты сливные отверстия в панели воздухопритока, то через плохое уплотнение блока с кузовом может просачиваться вода.

Ну вам в своей машине как-то легче определить где протекает... хотя в машине таких мест масса.... --уплотнители стекол-всех, под капотом- под черным ящиком, печка.... и другое.... = надо лить воду и смотреть.... Ну а исправлять- вынимать стекла и чистить уплотнитель, устанавливать назад (лучше на ваккуумную смазку.... ) чистить водостоки, снимать блок предохранителей и чистить, ставить назад на например сантехническую уплотнительную пасту.... точно так же надо переустановить уплотнители дверей =особенно багажника и задние фонари.... (если они дырявые- или заклеить или заменить....)

из под резинок лобового прет водица...!

воопервых если есть люк, может протекать он, во вторых необходимо сменить уплотнители (резинки) дверей или лобовое может течь...

это конструктивная особенность, не обращай внимания

в кузове огромная дыра, чего тут ещё сказать.
ну а так- или из под капота или двери плохо прилегают

дверной уплотнитель наверно уже плохой.