насколько серьезно банки проверяют чистоту квартиры при выдаче ипотечного кредита

В Сбербанке очень серьезно, до самого первого владельца квартиры, всех собственников, несовершеннолетних, проживающих в разное время на все моменты изменения "статуса" квартиры.
Изучается так называемый "паспорт" квартиры с момента ее строительства и перехода прав собственности в интересах ВСЕХ собственников, включая детей и изменения их статуса.

что вы имеете ввиду под " чистата квартиры"?
если внешний вид тогда:
- банку всёравно, много ли у вас пыли на шкафу, помыли ли вы ваную, помыли ли вы пол и диван, после того, как ваша собака повалялась в грязи и забежала в квартиру, сразу на диван. (если прийдется продавать квартиру за неуплату по кредиту, на цену квартиры ето не повлияет)
- банк обратит внимание на то, если у вас на окнах/дверях краска потрескалась; паркет покрутило, от того, что вас затопили; ржавчину на трубах отопления/водопровода; сырость на потолку в ванои и т. д. (если прийдется продавать квартиру за неуплату по кредиту, цену прийдётся уменшить, в связи с потребностью в ремонте)
-банк однозначно не возьмёт квартиру в залог, если у вас: трещены в стенах, потолке, дом в аварийном состоянии

если под чистотой вы имеете ввиду задолжености по квартире, тогда не переживайте, банк самым тщательным образом проверит, есть ли каккие долги за квартирой

также банк в проверит всех зареестрираваных в квартире и принадлежание квартиры владельцу

Я думаю некорректный вопрос. Нет единого подхода!