Сколько дней должно пройти чтоб заявление не приняли?

Конечно, примут. Вашему отцу нужно пойти в банк с паспортом по месту открытия карты, написать письменное заявление об утрате карты (так как я понимаю, что вы только по телефону блокировали карту) и заявление на перевыпуск.

При этом, наличные по паспорту со счета можно получить сразу. Когда придет новая карта (через 5-7 дней) , то он ее получит, при этом ПИН-код к карте также придет новый, поэтому старый ПИН нужно выбросить.

Теперь вижу грамотный вопрос: попробую ответить.
Отец должен с паспортом пойти в сбербанк и написать заявление, в котором всё ЭТО будет изложено. Заявление регистрируется в отделение сбербанка, лучше в районном, у секретаря начальника (заведующего) районным отделением. Копию себе. У них будет месяц на обоснованный, письменный ответ. Вот ЭТОТ ответ, Ваши свидетельские показания, распечатки со счёта карты и могут стать основанием для подачи в мировой суд (ущерб менее 50 000 руб). Срок давности, как я понимаю, три года. Мировой суд по месту районного сбербанка.
Удачи. (Просто так с карты банка снять деньги невозможно: нужен пин-код....)

Мне кажется, Автор спрашивает про заявление на оспаривание операции. На мой взгляд, у Автора такое заявление уже не примут, т. к. прошло много времени. Напомню, что оспаривание ежемесячной выписки согласно Правилам МПС возможно в срок до 30 дней после ее формирования. Дополнительно сообщу, что банк никак не мог "украсть" деньги, ибо сумма в этом случае не может уйти "вникуда" - она переносится на какой-то счет (возможно, "прочие доходы").